CPM1A系列PLC具有比較豐富的指令集，按其功能可分為兩大類：基本指令和特殊功能指令。其指令功能與FX系列PLC大同小異，這里不再詳述。

CPM1A系列PLC指令一般由助記符和操作數兩部分組成，助記符表示CPU執行此命令所要完成的功能，而操作數則指出CPU的操作對象。操作數既可以是前面介紹的通道號和繼電器編號，也可以是DM區或是立即數。立即數可以用十進制數表示，也可以用十六進制數表示。可能影響執行指令的系統標志有：ER（錯誤標志）、CY（進位標志）、EQ（相等標志）、GR（大于標志）和LE（小于標志）等。